-
Телефон
+7(812)534-95-13
-
Эл. почта
contact@biomed.spb.ru
cas@spbcas.ru
Руководитель лаборатории
-
Руководитель лабораторий
-
Руководитель проектов
-
Ученая степеньдоктор биологических наук
-
Ученое званиепрофессор
-
Г 3.19
Описание
Направления работы
Изучение феномена опухолеспецифической экспрессии эволюционно новых генов
Изучение феномена низкого генетического разнообразия ВИЧ-1 и выявление лекарственной устойчивости у циркулирующих штаммов вируса в России
Основные исследования, эксперименты и разработки
Экспериментальная проверка генов на опухолеспецифичность с помощью ПЦР на панелях кДНК из опухолевых и нормальных тканей человека
Определение эволюционной новизны выбранных генов с помощью программ HomoloGene.release68 и ProteinHistorian.
Оптимизация подхода NGS для определения числа различающихся вирусных вариантов в анализируемом образце на основании участка генома длиной, соответствующей максимальной длине прочтения (400 п.н.). Исследования проводятся по следующим направлениям: - определение чувствительности метода NGS с точки зрения обнаружения редких вирусных вариантов в искусственно приготовленной смеси различных клонированных вариантов ВИЧ- 1; - применение подхода «PrimerID» (введение случайного идентификатора при синтезе кДНК) для секвенирования реальных вирусных вариантов и отсеивания мутаций, возникающих in vitro в результате ПЦР и секвенирования. - оптимизация выявления мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в гене pol и определение порога чувствительности метода.
Разработка и усовершенствование биоинформатических методов анализа результатов глубокого секвенирования. Оптимизация анализа гаплотипов ВИЧ-1 как внутри индивида, так и популяции. Сравнение известных методов оценки генетического разнообразия вируса и подбор оптимального метода для каждого гена ВИЧ-1
Основные партнеры
Лаборатория биоинформатики Центр RASA-СПбПУ, ИФНиТ;
ЧНИУ "Биомедицинский центр"; ФГУП "ГосНИИ ОЧБ" ФМБА России