Концерн создан в 2002 году, когда по Указу Президента Российской Федерации и Постановлению Правительства Российской Федерации в ОАО "Концерн ПВО "Алмаз – Антей" были объединены 46 предприятий: заводов, научно-производственных объединений, конструкторских бюро и научно-исследовательских институтов, которые занимались разработкой и производством зенитных ракетных комплексов малой, средней и большой дальности действия, основных типов средств радиолокационной разведки и автоматизированных систем управления. Затем в 2007 году произошло укрупнение Концерна и на сегодня в его составе более шестидесяти предприятий из семнадцати регионов страны.
Концерн стал первым крупным холдингом, созданным в рамках Федеральной целевой программы "Реформирование и развитие оборонно-промышленного комплекса (2002–2006 годы)". На его долю выпала функция первопроходца в решении проблем формирования акционерного капитала и корпоративной системы управления.